Bönig war einer der sechs Orgelvirtuosen, die im Jahr 2000 die gerade restaurierte Orgel in St. Lambertus der Öffentlichkeit vorstellten. Nun darf er an der "vollendeten" Königin der Instrumente seiner Spielfreude und Virtuosität freien Lauf lassen. Winfried Bönig wurde 2001 zum Domorganisten in Köln berufen und leitet als Professor für künstlerisches Orgelspiel und Improvisation seit 1998 den Studiengang "Katholische Kirchenmusik" an der Hochschule für Musik und Tanz Köln.

Bönig war und ist Interpret zahlreicher Uraufführungen von Werken, die ihm Komponisten widmeten, so beispielsweise von Enjott Schneider, Jean Guillou, Naji Hakim, Stephen Tharp, Colin Mawby, Robert HP Platz und Daniel Roth. Große Beachtung fanden seine CD-Einspielungen der Orgeln im Kölner Dom sowie eine CD mit einer eigenen Transkription von Bachs Goldberg-Variationen. In Mettmann interpretiert er Werke von Mozart, Liszt und von Max Reger. Die Musikwelt feiert in diesem Jahr den 100. Todestag (1916) von Reger, dessen Musik ganz besonders gut zum deutsch-romantischen Klangbild der Lambertusorgel passt. Der Eintritt ist frei, man bittet jedoch um eine großzügige Spende zur Deckung der Kosten.